Нанопоры в молекулярной биологии

Автор Сообщение
PIROL #3216   18-01-2011 23:06 GMT        

Новичок

Статус

4 сообщений
Личное сообщение
www.rulev-igor.narod.ru

Нанопоры в молекулярной биологии.

Идея использования естественной нанопоры альфа-гемолизина для секвенирования биополимеров была предложена Хаганом Бэйли 15 лет назад. Десятки исследователей по всему миру бросились разрабатывать эту тему, но постепенно поутих ажиотаж, возникший по поводу прихода новой эры в молекулярной биологии, по-прежнему рулит Сэнгер.

В работе

http://rulev-igor.narod.ru/theme_18.html

описаны перепитии борьбы нового со старым, много иллюстраций и свежих ссылок. Обозначен новый прорыв в технологии нанопор силами компаний IBM и Roche.

ondatr #3217   19-01-2011 08:57 GMT        

Долгожитель

Статус

459 сообщений
Личное сообщение

>по-прежнему рулит Сэнгер.

Разве? Казалось, Сэнгер за тихоходностью потихоньку уходит в музей, а рулит пиросиквенирование.

PIROL #3219   19-01-2011 21:25 GMT        

Новичок

Статус

4 сообщений
Личное сообщение
www.rulev-igor.narod.ru

Quote

ondatr :

>по-прежнему рулит Сэнгер.

Разве? Казалось, Сэнгер за тихоходностью потихоньку уходит в музей, а рулит пиросиквенирование.

Вот как раз им и занимается фирма «454 Life Scences Corp”, а фирма эта входит в корпорацию Roche, которая заключила контракт с IBM на разработку чипа на нанопорах. Об этом я и пишу в подборке, на которую идет ссылка.

Вообще приборы для сиквенирования безумно дороги, поколения техники меняются быстро, и каждый работает на том, что есть. Вот появится обещенный чип и все это железо отправится на помойку.

ondatr #3328   20-02-2011 13:45 GMT        

Долгожитель

Статус

459 сообщений
Личное сообщение

Патриотизьм - штука хорошая, хотя я даже потенциально (по бюджету) не потребитель этой продукции. Для меня даже секвенировать по-Сангеру - (хорошо бы, недалекое) будущее, да что там секвенировать - даже просто PCRить. Но сейчас, imho, прогресс в быстром секвенировании должен сместиться в сторону удлинения размеров читаемых последовательностей - поелику возможный для нормальной реконструкции минимум уже достигнут. И если нанопоры этому смогут помочь - я рад за Вас.

PIROL #3390   01-03-2011 21:25 GMT        

Новичок

Статус

4 сообщений
Личное сообщение
www.rulev-igor.narod.ru

Quote

ondatr :

Патриотизьм - штука хорошая, хотя я даже потенциально (по бюджету) не потребитель этой продукции. Для меня даже секвенировать по-Сангеру - (хорошо бы, недалекое) будущее, да что там секвенировать - даже просто PCRить. Но сейчас, imho, прогресс в быстром секвенировании должен сместиться в сторону удлинения размеров читаемых последовательностей - поелику возможный для нормальной реконструкции минимум уже достигнут. И если нанопоры этому смогут помочь - я рад за Вас.

Как раз эти проблемы и решаются.

Нанопора, захватив цепочку, анализирует (читает) ее до конца или докакой-то технологической помехи. Другие нанопоры (в чипе ведь целая матрица) дублирует работу. Предварительно ДНК разбивается на макрокуски. Программная сборка общего текста очень проста.

Что касается цены и доступности, то на то он ичип, чтобы быть дешевым. Дополнительного дорогостоящего оборудования и реактивов не потребуется, разве, что ПО для компьютера