Такие программки есть, вот, например: или
Естественно, если клеток много, они могут перекрывать друг друга и мешать наблюдению, даже если не все в фокусе. Нужно разбавлять и, возможно, добавлять реактивы, препятствующие слипанию.
Вы собираетесь подсчитывать водоросли в монокультуре? Потому что в природном материале их нужно еще и идентифицировать, а это та еще задача.